1、科属不同：
水果木瓜属于番木瓜科木瓜属常绿草本植物，也是比较有名的热带水果之一，具有果肉肥厚细致且香气浓郁等特点。
木瓜属于蔷薇科木瓜属植物，是一种生长在树上的果实，整体的形状要比水果木瓜稍微大一些。
2、生长环境不同：
水果木瓜除了喜欢在温暖湿润的环境生长外，在一些温度差异较大的地区也能正常生长，并且本身具有不错的耐寒性。
木瓜大多都只能生长在温暖湿润的环境当中，如果周围环境差异过大，就会影响到植物的正常生长。
3、营养成分不同：
水果木瓜内部含有果胶、膳食纤维、氨基酸等营养成分，可以一定程度的给人体提供充足的营养。
木瓜内部含有植物蛋白、木瓜蛋白酶、钙、铁等营养成分，在一定程度上能提升人体的新陈代谢速度。