新鲜的百合不清洗可以直接晾晒在阴凉地，之后放入挤出空气的保鲜袋，最后放入一定温度的冰箱保存就可以，还有一种方法就是清洗以后再晾晒，这样晾晒，百合保存的时间会更长。
真空保存是百合保存中最实用的方法，将鲜百合洗净晾干后用塑料袋将其装起来，并用纸盒子装着，然后放在冰箱冷藏可以保存7-10天。
晒干保存最简单的方法就是将鲜百合一瓣瓣剥下来，洗净后减掉黑色的部分，然后放在太阳地下暴晒，晒干后用纸袋装起来放在通风透气干燥的地方即可，这样保存的话，可以存放一年左右。
新鲜的百合还可以放入冰箱中冷冻保存。将百合洗干净并沥干水分，置放于阴凉的地方，两天后用保鲜袋将其装好，放入冰箱冷冻室，这样可以保存半年以上的时间。
泥土保存法也是一个不错的方法，将百合用塑料袋包装好，把塑料袋中的空气除尽，再放进坚实的塑料盒中，将盒子埋入泥土中，这样可以保存三周到一个月的时间。