西红柿茎发黑有两种情况，一种是茎基部出现褐变发黑，可能是感染了茎基腐病或疫霉根腐病;另一种是茎秆中上部或分杈处出现黑褐斑，可能是感染了早疫病、晚疫病、茎枯病、条斑病毒病等，应根据不同病症，采用针对的药物及时治疗。
茎基腐病的症状是茎基部病斑绕茎一周，缢缩，后期可见淡褐色蛛丝状霉，植株逐渐枯萎而死。可用20%的甲基立枯磷乳油1200倍液混加95%的恶霉灵3000倍液进行灌根。
疫霉根腐病的症状是茎基部产生深褐斑，逐渐扩大后绕茎一周，病斑凹陷，纵剖茎基部可见导管变褐色。可用72.2%的普力克800倍液混加50%的dt500倍液混加80%的福美双750倍液进行灌根。
早疫病是茎秆或分杈处产生不规则褐斑，湿度大时有黑色霉层，防治的药品是代森锰锌。
晚疫病是茎秆或分杈处变细且呈黑褐色，病果上有明显的云彩斑，防治的药品是甲霜灵。
茎枯病是茎秆上产生椭圆形褐色病斑，后期病斑可侵入到维管束中，同样以代森锰锌为主药进行治疗。
条斑病毒病是茎秆上产生黑褐色斑块，多在植株生长点附近，且病斑变色部位仅发生在表皮，需在发病初期喷洒2%的宁南霉素水剂500倍液。